陰離子色譜柱采用氫氧根體系淋洗液，可同時分析常見陰離子；等多種陰離子，其特點是峰型好，可進行梯度淋洗，靈敏度更高，適用范圍更廣。適用于飲用天然礦泉水、包裝飲用水、生活飲用水等行業。用來檢測各種樣品中鹵氧化物和無機陰離子，包括飲用水，地表水，廢水，和其它各種樣品。其中關鍵的應用能檢測飲用水中痕量的臭氧消毒副產物溴酸鹽。
陰離子色譜柱的維護保養十分重要。
（1）接色譜柱前確保系統已清洗干凈。在任何情況下不能碰撞、彎曲或強烈震動；很多單位的離子色譜儀是陰、陽離子混用的，因此，接色譜柱前，一定要保證整個離子色譜儀上的所有閥件或管路已清洗干凈，避免造成堵塞。
（2）確保不進入顆粒物。樣品一定要經過預處理，去除顆粒物等會給泵和色譜柱帶來負擔的物質。
（3）確保不干燥。每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品，還要用適當的溶劑來清洗柱；若分析柱長期不使用，要參照保存辦法，在沖洗干凈后，對陰離子柱要通入一定濃度的堿（對陽離子柱要通入一定濃度的酸），并將色譜柱取下兩端密封保存。
（4）確保在一定壓力、流速條件下運行。儀器使用時一定要先檢查整個流動管路中是否有氣泡，如果有，需要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜柱中。因為裝填的樹脂顆粒很小，氣泡進入后將影響樹脂和樣品中離子的交換，同時氣泡也將影響基線的穩定性。
